《药师忏》正是说明药师如来的誓愿而离苦得乐的行法，是天溪大觉寺受登在康熙三年（1664）纂集，称为《药师三昧行法》。《药师三昧行法》内容包括：（1）定名，叙述药师三昧名称的缘由；（2）劝修，劝诫修习本三昧，则所求长寿、富饶、官位、男女等，皆得顺遂；（3）方法，揭示供养药师如来的方法；（4）释疑，因当时住生西方净土的思想极为流行，所以作释疑，以肯定本行法为致福消灾之要法及明心作佛的秘典。

在《药师三昧行法》的方法中，总共包括有十项内容：（1）严道场，列出庄严道场的方法，在闲静的堂室，用新土填地，悬挂新宝盖及五色幡，正中安置药师像，在左面安置日光菩萨像，在右面安置月光菩萨像，外面用栏杆围起来。（2）净三业，修行者应该穿着新做的或干净的衣服，斋戒素食，沐浴清净，然后才进道场。（3）修供养，行者入道场后，应该忆念药师佛的本愿功德，然后手执香炉，唱：“一心顶礼十方法界常住佛，一心顶礼十方法界常住法，一心顶礼十方法界常住僧”，其次，维那呼：“是诸众等，各各互跪，严持香花，如法供养”，然后大众同音唱：“愿此香花云，遍满十方界，一一诸佛土，无量香庄严，具足菩萨道，成就如来午”。（4）请三宝诸天，即奉请释迦牟尼佛、药师佛等诸佛世尊，药师琉璃光本愿经等法宝，日光遍照菩萨、月光遍照菩萨等诸大菩萨，十二药叉神将等天龙八部，希望三宝及护法神将能降临道场。（5）赞叹，赞叹药师佛的功德。（6）礼敬，即礼拜前面所奉请的三宝及护法龙天。（7）发愿持咒，即是发药师佛的十二大愿，然后再诵《药师灌顶真言》一百零八遍。（8）忏悔，诵忏悔文，愿诸业障消灭，同得清净。（9）行道旋绕，具足威仪，右绕佛座，大众同音唱：“南无十方佛、南无十方法、南无十方僧、南无本师释迦牟尼佛、南无教主药师琉璃光佛、南无药师如来本愿功德经、南无日光遍照菩萨、南无月光遍照菩萨、南无曼殊室利菩”，三遍或七遍，到佛像前唱三归依。（10）思惟义处，即是观想药师佛的身相光明，修习三昧。

由于《药师三昧行法》的文字说明太多，而且行仪不够详细，所以后来又有人重新编纂了《消灾延寿药师忏法》三卷，现代寺院举行药师法会，多用此本。在《消灾延寿药师忏法》开头，首先严净坛场，唱《杨枝净水赞》，念《大悲咒》若干遍，绕坛场一周，然后唱回向偈。其次，开忏头，这是清代以来各种忏法比较常见的仪式，唱《炉香赞》及各种供养偈，最后宣读文疏。在《消灾延寿药师忏法》每一卷中，都是先礼拜“南无毗卢遮那佛、南无本师释迦牟尼佛、南无药师琉璃光如来…”等三宝，接着念一段忏悔文，然后念《药师灌顶真言》七遍或四十九遍，最后唱《药师赞》。

《消灾延寿药师忏法》是现代佛教经常使用的忏法，许多居士在生日及祈福的时候，都请僧人们礼拜此忏。

《药师忏》是以药师如来为本尊而举行的忏悔罪障的修行法门，是依据《药师如来本愿功德经》而作成的一种忏法。